В мире наступило небольшое затишье. Идет 2006 год, нелегкий для супергероев, мутантов, которых осталось всего 198 после Дня М и просто людей. За несколько лет вселенная изменилась до неузнаваемости и кто знает что еще нас ждет.
Внезапно Daily Bugle опубликовало письмо Ирен Адлер, которая сообщала где возможно находятся ее дневники. Итак к счатью, или к несчатью, тем, кто нашел их стал Норманн Осборн.
Дневники Судьбы изменили мир, люди поняли свои ошибки и решили раз и навсегда изменить свои жизни. Никакого акта о регистрации супергероев. Никакой гражданской войны. Предотвратили и вторжение скруллов.
Но судьба всегда найдет пути расставить все по своим местам.
В конечном итоге все ведет к тому, что назовут потомки темным правлением.
Норман Осборн стал один из тех, кто дочитал дневники до конца, и понял, что чем раньше он начнет выстраивать свою империю, тем меньше шансов будет у его врагов выстоять. Он опубликовал нужные ему очерки в газете, заставив весь мир следовать судьбе, которую придумавает он. Люди же узнав о том, какие разрушения им причинят костюмированные герои и мутанты, стали требовать усилить контроль над ними, однако правительство все еще побоялось вводить акт о регистрации. Тем временем Саймон Траск начал митинги на улицах города в целях спровоцировать мутантов на новую войну.

Люди Икс
Циклоп находится в тягостных отношениях с Профессором и принял решения самостоятельно возглавлять Институт. С этим были не согласные многие - кто-то ушел из Иксменов, а кто-то наоборот вернулся.
Старая школа Ксавьера не была разрушена, и мутанты сделали все возможное, чтобы не допустить это.
Между Циклопом и Эммой Фрост – двумя лидерами назрел раскол, каждый «тянет одеяло на себя», обвиняя друг друга в неуважении. Двум директорам стало тесно в одном кабинете, и у каждого из них образовались свои тайны, которые они не могу доверить друг другу.

Темные мстители
Норманн Осборн решили предоставить людям новых героев, после того, как представив публике свою версию Дневников Дестини, граждане США разочаровались в своих прежних героях. После того, как Норманн объявил план по недопущению вторжения инопланетной расы, его признали новым героем страны.  Умело пользуясь предсказаниями, он перестраивает мир по своему собственному плану.
Осборн созвал новую, преданную ему команду супергероев, точнее негодяев одетых под супергероев.

Мастера зла
Организация преступников, собранная Осборном для того, чтобы устраивать их стычки с Темными Мстителями, тем самым создавая им образ героев.

Темные люди икс
Возглавляемые Эммой Фрост, они встали в оппозицию Людям Икс. Они подчиняются Осборну, но стоят на службе закона, следя за порядком на улицах города, а так же за проявлением агрессии мутантов, доставляя недовольных в тюрьмы к Осборну.

Мстители
КЭП – после прочтения очередной публикации Дневников, фанатик обвинил во всем что может случится с миром – Стива Роджерса и во время пресс-конференции Мстителей совершил на него покушение. Однако вместо смерти, Стив был отправлен в прошлое во времена ВМВ.
В самих же Мстителях нет единого мнения, как действовать в быстро меняющемся мире. Они разорваны на части: одни пытаются спасти Стива, другие готовят покушение на Осборна, остальные же  пытаются делать вид, что все в порядке.

ЩИТ
ЩИТ не смог открыто встать в оппозицию Норманну Осборну, так как весь мир прославлял его и все решили, что он действительно встал на путь исправления. Однако Ник Фьюри продолжил поддерживать Мстителей и тайно отслеживал каждое предвижение Осборна, ожидая первой его осечки

*строится по ходу игры